The original MIDI file is still available to this day on ZUN's website, untouched.
Supposed publishing page, which uses a browser plug-in (like the NPAPI VLC Web Plugin) to play the MIDI: https://www16.big.or.jp/~zun/data/html/contri/kaiki-eb.html
LZH-compressed archive containing the MIDI and plaintext commentary: https://www16.big.or.jp/~zun/data/midi/contri/kaiki-eb.lzh
TXT commentary (in Japanese, SHIFT-JIS encoded): https://www16.big.or.jp/~zun/data/midi/contri/kaiki-eb.txt
MIDI file itself: https://www16.big.or.jp/~zun/data/midi/contri/kaiki-eb.mid
Plaintext commentary copy-pasted here for archival:
+----------------------------------------------------------------------------+
|【 曲名 】|【 the Grimoire of Alice 】
|【 使用元 】| 東方怪綺談 エキストラステージボステーマ
|【 作曲者名 】| ZUN(太田順也)
|【 データ入力 】| 紫電
|【 ファイル名 】| kaiki-eb.lzh
|【 演奏音源 】| GS音源
|【 製作音源 】| SC-55ST
+-----------------------------------------------------------------------------+
ZUN氏作曲の曲を紫電がMIDIにて入力し直したものです。
なお、入力方法は目コピ(笑)です。
な~んにもアレンジしていません。原曲に似るように打ち込んだつもりなのですが、
どうでしょうか?
やはりFM音源の曲ををMIDIで表現するのは難しいですね。
発音数が多くなっても、あの独特のキレのある音は再現できませんでした。
また機会があれば打ちこみたいですけど、目コピ……難しい(^^;)。
以上、紫電でした~。
(※) 目コピ: 東方怪綺談ミュージックモードで出る鍵盤の動きを
必死でトレースして打ち込んだもの(笑)